Juha Kotilainen toimi projektikoordinaattorina ja väitöskirjatutkijana strategisen tutkimuksen CORE-hankkeessa, joka kehitti Suomeen sopivia yhteisen ongelmanratkaisun käytäntöjä.
Juha on tutkinut erityisesti yhteistoiminnallisen ympäristöhallinnan mekanismeja. Tässä lähestymistavassa korostuu sektorien välinen yhteistoiminta sekä sidosryhmien keskeisten intressien ja keskinäisriippuvuuksien tunnistaminen. Juha uskoo, että yhteistoiminnallinen hallinta tarjoaa työkaluja käytännöllisten ratkaisujen löytämiseen, jotka eivät perustu heikkoihin kompromisseihin.